Το Αυτοτελές Τμήμα Ευρωπαϊκών, Διεθνών θεμάτων και Ανάπτυξης Συνεργασιών, με έδρα το Ηράκλειο και τοπική αρμοδιότητα σε όλη την Περιφέρεια Κρήτης, έχει τις ακόλουθες ιδίως αρμοδιότητες:
α. Τον συντονισμό ενεργειών των οργάνων διοίκησης και των υπηρεσιών της Περιφέρειας για την ανάπτυξη διεθνών και ευρωπαϊκών σχέσεων και συνεργασιών, για τη συμμετοχή και εκπροσώπηση της Περιφέρειας σε εθνικά και ευρωπαϊκά δίκτυα, για την ανάπτυξη σχέσεων συνεργασίας και δικτύωσης με λοιπούς φορείς στην Ελλάδα και στο εξωτερικό, καθώς και σε Ευρωπαϊκούς Ομίλους Εδαφικής Συνεργασίας.
β. Την επικοινωνία με τα εθνικά σημεία επαφής των προγραμμάτων και τις αρμόδιες Εθνικές και Ευρωπαϊκές Αρχές, καθώς και τη διατύπωση και υποβολή προτάσεων για παρέμβαση σε στρατηγικές και πολιτικές που είναι
υπό διαμόρφωση, προς όφελος περιφερειακών στρατηγικών και ειδικά της Περιφέρειας.
γ. Την αναζήτηση συναφών με τους τομείς προτεραιοτήτων ανάπτυξης και του σχεδιασμού της Περιφέρειας ευρωπαϊκών και διεθνών χρηματοδοτικών πλαισίων για υποβολή προτάσεων διεκδίκησης χρηματοδοτικών
κονδυλίων.
δ. Τον προγραμματισμό και την αξιολόγηση υποβολής προτάσεων που χρηματοδοτούνται από ευρωπαϊκά και διεθνή προγράμματα, καθώς και άλλες πηγές και εργαλεία χρηματοδότησης, στο πλαίσιο των αναπτυξιακών
στρατηγικών και προτεραιοτήτων της Περιφέρειας.
ε. Την παροχή στοιχείων και τη συνεργασία με τις συναρμόδιες υπηρεσίες της Περιφέρειας για τον σχεδιασμό και υλοποίηση περιφερειακών αναπτυξιακών στρατηγικών και προγραμμάτων.
στ. Τη διάχυση των πληροφοριών ως προς τα διαθέσιμα χρηματοδοτικά πλαίσια και τις προσκλήσεις υποβολής προτάσεων, καθώς και τον συντονισμό δημιουργίας σχημάτων συνεργασίας με όλες τις υπηρεσίες,
τους παραγωγικούς, κοινωνικούς και λοιπούς φορείς, τα Ακαδημαϊκά και Ερευνητικά Ιδρύματα της Περιφέρειας, κ.α., για την υποβολή προτάσεων προς χρηματοδότηση.
ζ. Τον συντονισμό και τη συνεπικουρία στις υπηρεσίες κατά τη διαμόρφωση και υποβολή προτάσεων σχετικών με το αντικείμενό τους, καθώς και την υλοποίηση και τη συνεπικουρία υλοποίησης στις λοιπές υπηρεσίες της Περιφέρειας των εγκεκριμένων προγραμμάτων/δράσεων.
η. Την παρακολούθηση εφαρμογής της εθνικής και κοινοτικής νομοθεσίας, καθώς και των κανονισμών των διαφόρων χρηματοδοτικών πλαισίων, κατά το στάδιο υποβολής και κατά τη διάρκεια υλοποίησης των εγκεκριμένων προγραμμάτων/δράσεων.
θ. Την παρακολούθηση της πορείας των εγκεκριμένων προγραμμάτων/δράσεων, καθώς και τη διάδοση της πληροφόρησης στους πολίτες και τη διοργάνωση δράσεων πληροφόρησης.
ι. Την τήρηση του αρχείου προτάσεων και εγκεκριμένων προγραμμάτων που υποβάλλονται ή υλοποιούνται από το σύνολο των υπηρεσιών της Περιφέρειας, καθώς και την εφαρμογή των διαδικασιών πρόσληψης προσωπικού και σύναψης, κατά την αρμοδιότητά του, δημοσίων συμβάσεων για την υλοποίηση των ανωτέρω προγραμμάτων και δράσεων.
Στο πλαίσιο του Αυτοτελούς Τμήματος λειτουργεί Γραφείο Εκπροσώπησης στις Βρυξέλλες, στο οποίο υπάγονται ιδίως οι αρμοδιότητες που αφορούν την προώθηση και προάσπιση των συμφερόντων της Περιφέρειας στα όργανα της Ευρωπαϊκής Ένωσης, την εξασφάλιση άμεσης πληροφόρησης για ευρωπαϊκές πολιτικές και την αξιοποίηση χρηματοδοτικών ευκαιριών.